Cuando llegó el fin de las misiones capuchinas y el cese de las bonanzas cauchera y de pieles, el flujo de colonización hacia la región continuó debido a la violencia bipartidista, la política de colonización de fronteras de los gobiernos liberales, la ausencia de una reforma agraria y la crisis económica mundial que exacerbó los factores de expulsión de colonos campesinos desde los Andes hacia selvas y páramos. Los campesinos buscaban colonizar las tierras “baldías”, tierras que en el imaginario de muchos estaban vacías de gente; sin embargo, dichos territorios distaban mucho de ser tierras vacías, por el contrario, eran territorios ancestrales de diferentes pueblos indígenas.

A principios de la década de los sesenta se crea el Instituto Colombiano de Reforma Agraria (INCORA), que buscó implementar lo que se llamó reforma social agraria, la cual buscó, en principio, la redistribución de tierras en el interior del país ³.

Sin embargo, este proceso quedó truncado por la firma del Pacto de Chicoral, proyecto de contrarreforma que enterró, de nuevo, la idea de modificar la distribución de la propiedad, y aceleró la concentración y la expulsión de campesinos y otras comunidades de sus territorios ⁴, estimulando la ampliación de la frontera agrícola y la profundización del proceso de colonización campesina en la región.

En este marco, en 1965 se crearon las Fuerzas Armadas Revolucionarias de Colombia (FARC), que afirmaban buscar una reforma agraria auténtica, y desplegaron sus fuerzas en la región amazónica por los ríos Guaviare y Caguán ⁵. A este panorama ya de por sí complejo, se le sumó pocos años más tarde un nuevo ciclo de colonización a partir de la emergencia de cultivos de uso ilícito.

La llegada de la coca intensificó la destrucción del bosque y la fundación de nuevos caseríos. La bonanza en torno suyo no fue constante y se presentaron periodos de crisis, bajo los cuales se abrían nuevos frentes de colonización con miras a saldar las deudas adquiridas. De este modo, los cultivos de uso ilícito se convirtieron en un factor dinamizador de la ocupación de la Amazonia. Sí bien en un principio los cultivos de coca fueron la panacea para una población campesina en bancarrota, luego con la llegada de grupos paramilitares movilizados por capitales externos (narcotráfico, ganadería, etc.), terminaron generando su desplazamiento. Para este momento estaban encendidos los motores de la deforestación.

A partir de mediados de la década de los noventa se presentó una nueva ola de colonización que se intersecta con la anterior y se asocia a una nueva bonanza en torno a cultivos de gran escala como la palma y en la multiplicación de sistemas de producción basados en la ganadería. Este proceso de colonización abarcó los departamentos del Meta y del Guaviare; en este último, las trochas Nuevo Tolima y Ganadera en San José del Guaviare y el Retorno, han sido la base a partir de la cual se ha desarrollado dicho proceso de llegada de nuevos colonos.