La presencia de cultivos de uso ilícito en la región se inicia con la llegada de la marihuana y posteriormente con la coca, cuyo cultivo y comercialización se mantiene hasta hoy como un importante factor de configuración territorial. Pese a que han existido momentos de descenso en términos del área sembrada y dinámicas intrarregionales de auge y reflujo, la coca sigue constituyendo un factor movilizador de múltiples conflictos, dentro de los cuales los socioambientales ocupan un renglón central. Aunque en las últimas dos décadas la región ha disminuido su importancia en la producción nacional de coca, en comparación con su papel en las dos primeras décadas del auge de la coca, la presencia de estos cultivos sigue siendo un factor clave en los conflictos socioambientales y en el conflicto armado. Según Cepal et al. (2013) desde los 80 hasta iniciado el siglo XXI la coca sembrada en la Amazonía abarcaba más del 75% del área de producción cocalera del país, esto da cuenta del peso que dicho cultivo y sus dinámicas han tenido en la configuración de la conflictividad en la región.

La marihuana llega a la región en los años setenta desde la Serranía de La Macarena, siguiendo las mismas rutas a través de las cuales llegaron los campesinos colonos en sus sucesivos procesos de colonización. Su arribo se produce tras la escasez de este producto en los Estados Unidos, su principal mercado, por el impulso de una campaña de fumigaciones en México, su principal abastecedor para ese momento. Pese al entusiasmo inicial que llevó a la organización de cadenas de acopio y transporte, a la construcción de pistas de aterrizaje por parte de los narcotraficantes y a la reedición de una nueva oleada más de colonización por parte de los campesinos, la bonanza fue efímera (Chavarro, s.f.). Pese a que no fue un auge duradero, tal como en la actualidad, este cultivo amplió la conflictividad socioambiental por vía de la ampliación de la frontera agropecuaria mediante procesos de tumba del bosque. Esta desestimuló la producción de los cultivos de pan coger, se alteraron los costos de vida e hizo inviable económicamente la producción agrícola tradicional. Una muestra de lo anterior es que entre 1974 y 1976 la arroba de marihuana llegó a cotizarse a $12.000, cuando el salario mínimo mensual en el sector rural era de aproximadamente $1320. Una bonanza que fue efímera, pues para principios de 1977 los $60.000 que se recibía por cada bulto de hoja, pasó a convertirse en $10.000, ante la entrada de la mata sin semilla al mercado internacional que se producía en Estados Unidos (SINCHI, 1999). Una crisis que llevo al colono a volver al frente de colonización, dejando sus tierras y mejoras a los comerciantes y latifundistas como forma de pago de las deudas contraídas.

Tras la crisis social y económica dejada por la marihuana, la coca significó una nueva oportunidad para el campesinado empobrecido, su cultivo inició en 1988, para ese momento algunas prácticas colaborativas ya habían perdido terreno y la racionalidad económica del jornal pago se había popularizado. La llegada de la coca intensificó la destrucción del bosque y la fundación de nuevos caseríos, un proceso de consolidación que no fue en todo momento exitoso, pues también se presentaron eventuales periodos de crisis, bajo los cuales se arreciaba la violencia y se abrían nuevos frentes de colonización, con miras a saldar las deudas adquiridas, es así como la coca se convirtió en un factor dinamizador de la ocupación de la Amazonía. La coca se transforma entonces en un importante eslabón de articulación entre departamentos asociados al bioma como el Guaviare y una red mundial y regional de tráfico.